药师仪轨一具
若欲入向道场者，先澡浴清净，以真言手印，洒净所换之衣。次以真言加持其衣而著。真言曰：
「唵微莾罗莎缚贺」
次即衣著。真言曰：
「唵钵哩嚩罗多嚩曰里尼吽」
次饮水洒净。真言曰：
「唵摩诃入嚩罗吽」
次入向道场时，不起贪欲瞋恚等，专念本尊而住住自他本清净，步步想践连华徃，次至道场门外洒净云云。
次香水洒身，以后称吽字三声，然后道场并观想圣众，遍满道场，如影重之，不相妨碍。次入道场已，面向于本尊，合掌作礼，礼三部尊，及本尊已，举头谛观佛菩萨金刚像也。向佛陈说三世宿愆恶障，重忏本尊所，亦如是忏礼。偈曰：
次香水净三业。真言曰：
「唵萨嚩二合婆嚩输驮萨嚩达么萨嚩二合婆嚩」
输度啥次定心已，作三部三昧耶。真言曰：
「唵怛他引蘖覩纳婆二合缚引也娑嚩二合引诃」佛
「唵跛娜谟二合纳婆二合缚引也娑嚩二合引贺」莲
「唵嚩曰卢二合纳婆二合缚也婆嚩二合引贺引」
已上三部三昧耶。
次遣除身中毘那夜迦。真言曰：
「唵阇波没㗚帝贺囊迦囊吽泮咤」
次辟除诸障。真言曰：
「曩谟嚩日罗也吽贺囊莾他尾特梦婆输𬧹罗也泮咤」七遍
次辟除诸物所有诸难在多意云云。真言曰：
「唵枳哩枳哩罗嚩嗟捺罗𤙖泮咤」三遍
次去垢。真言曰：
「唵枳哩枳哩嚩日罗𤙖泮咤」七遍
次清净。真言曰：
「唵尔囊尔迦」
次光泽。真言曰：
「唵帝誓帝惹徒尾宁徒提沙驮吽泮咤」三遍
次神分，次唱礼，一切恭敬。次供文，次四方四佛、四菩萨，次本尊称名三遍，次三部界会一切佛菩萨等，次惊觉。真言曰：
「唵嚩曰鲁二合用底瑟咤二合吽」
印者，二手各金刚拳，舒头指，各头侧相柱二小指相交。每诵一遍，作印拳动。
次九方便，至心归命：
「归命顶礼药师瑠璃光佛。」
次礼方便。真言曰印者，以金刚部印，当额诵呪礼拜：
「唵引一 曩莫萨缚怛他引蘗多二 迦引野弭缚引吃质二合多三 缚日罗二合满娜南迦噜弭」
次至心归依，次真言印者金刚合掌，次施身方便了，归命顶礼，施身方便，真言如例。印者，金刚合掌，投身舒耳。若庄校投者，运心耳。次至心发愿了，归命顶礼，发菩提心方便真言。次至心忏悔了，归命顶礼。次真言印者，先金刚合掌，大指头指舒著。
次至心随喜了，次归命顶礼，次真言印者，金刚合掌。次至心劝请了，次归命顶礼，次真言印者，金刚合掌。次至心奉请诵了，次归命顶礼，次真言先作向清印，入内大指更出舌，头指钩召。次至心回向诵了，次归命顶礼，次真言如例印金刚合掌云云。
次护身。真言曰：
「唵嚩日罗二合引𡁬儞二合嚩罗捻跛跢二合引也娑缚二合贺」
次大护身真言曰：
「唵入嚩罗囊也𤙖泮咤」
次被甲真言曰：
「唵度比度比迦也度比钵罗入嚩里宁娑婆贺」
次结发。真言曰：
「唵苏悉地羯哩莎嚩贺」
次结地界。真言曰：
「唵枳里枳里嚩日罗二合缚曰里二合部律二合半音满驮满驮吽发咤半音」
次结方隅金刚幡。真言曰：
「唵萨罗萨罗缚日罗二合伽罗吽泮咤半音」
次置宝座等。真言曰：
「唵毘莾噜挪地𤙖」三遍
次阿者罗吽三遍：
「唵阿者罗微𭋸娑婆贺」三遍
「唵迦莾罗娑婆贺」三遍
「唵囊莾萨嚩怛他蘖哆南萨罗嚩他欠乌跢蘖帝娑破罗呬莾阇伽伽囊釰娑嚩贺」三遍
次「以我功德力，如来加持力，及以法界力，普供养而住。」
次大虚空藏普通供养真言并印：
「唵誐誐曩三去婆嚩嚩日罗二合斛引」
次遏伽以辨事真言持诵，后以部母呪呪之，置于左边。
次部母。真言曰：
「娜牟婆伽婆都乌瑟尼沙耶唵卢卢娑普𠰷若嚩罗帝瑟佗悉陀噜者儞萨嚩罗他娑但儞莎诃」
次于宝座上，观本尊种子字，并结根本印云云。
次转字成本尊。真言曰：
「曩莫三满多没驮引南」
次欲请本尊，先执香炉，诵真言，净治空中道路。真言曰：
「唵苏悉地迦里入嚩二合里多南多暮罗二合曳入嚩二合罗满驮满驮贺囊贺囊𤙖泮咤」
次发愿启白众。
次奉请本尊。更先想座已也，成就车辂，送本尊所云云。
宝车辂。真言曰：
「唵都噜都噜吽」
次请车辂。真言曰：
「娜么悉底哩野二合地尾二合迦引南怛他引𮓌多引南引一 唵嚩曰郎二合银儞野三合引羯唎沙也二合莎诃」
次召请奉本尊。真真言曰：
「唵枳里枳里嚩日罗吽泮咤」七遍
次视三昧耶。真言曰：
「唵升羯三莾烟莎诃」七遍
次奉阏伽。真言曰：
「唵药乞私囊那也见捺罗达弩钵舍莎诃」三遍
次奉莲华座诵三部真言献，成用道用：
「唵味罗味罗也莎诃」
「唵钵那莾味罗也莎诃」
「唵缚日罗味罗也莎诃」
次陈善来世尊真言，持诵奉献。
次结上方金刚网。真言曰：
「唵尾娑普二合罗捺落二合乞刃二合缚日罗二合半惹罗吽泮咤」
次上下方。
次火院真言曰：
「唵阿三莾拟儞吽泮咤」
次重结大界。真言曰：
「唵升羯莾诃三摩焰莎诃」七遍
次奉涂香。真言曰：
「伊𠰢言驮输婆儞微夜二合输者也输者输者输者也莾夜儞吠儞始薄讫底也二合钵罗二合底仡㗚呬也钵罗二合四椰𠰢唵阿贺罗阿贺罗萨罗缚尾儞夜达罗布尔帝莎诃」七遍
奉华真言：
「伊𠰢苏莾囊素儞尾夜轮者输输者输囊也莽夜宁唵伏儞多薄讫底二合夜钵罗底仡㗚呬也钵罗四挪𠰢唵阿贺罗阿贺罗萨罗缚尾儞夜达罗布尔帝莎诃」
奉烧香。真言曰：
「阿阎缚囊沙钵底罗素贺㗚儞也健陀值也苏罗部若曩莽夜宁吠儞始薄讫底夜度报阎钵罗底仡㗚呬也难唵阿去贺罗阿贺罗萨罗缚尾儞夜达罗布尔莎诃」
奉食。真言曰：
「奥洒涕难罗素贺㗚二合他也二合𪾼洒涌多罗二合设怒么里莽也宁唵吠儞始薄讫底夜二合钵罗底仡呬也二合钵罗四椰吽唵阿去罗贺阿罗贺萨罗缚尾儞夜二合达罗布尔帝莎诃」
奉灯。真言曰：
「罗讫𫇴二合近曩二合洒者二合跛尾怛罗二合室者二合瞻谟尾昙莽曩短名输婆莽夜宁吠儞始薄讫底夜二合儞报阎钵罗底讫㗚二合呬也难唵阿路迦也萨罗尾儞夜二合达罗布尔帝莎婆贺」
次运心供养。以心运想，水陆诸华，无曰主所，遍满虚空，尽十方界，及以人天。妙涂香云，烧香灯明，幢幡宝盖，种种鼓乐，歌舞妓唱，真珠罗网，悬诸宝领。髣白拂微妙声，锋矜羯尼网。如意宝树，衣服之云天。诸厨膳上，妙香美味。宫殿楼阁宝柱。庄严身头冠璎珞。如是等云，行者运心，遍满虚空。以至诚心，如是供养，最为胜上。是故行者以决定心，而行此法。运心供养，诵持真言及作手印，如上所想皆悉成就。真言曰：
「唵萨罗嚩他龛揾娜𮓌帝娑颇罗呬门伽伽曩釰莎诃」七遍
次赞叹佛曰：
「摩贺引迦引抳噜引建曩引贪一 舍娑跢二合引蓝萨嚩吠得微闭反引儞泥以反南二合奔浦閟反去女鼻音娜地蝇二合𩄽拏引驮蓝三 钵罗二合拏上摩引弭怛他引誐眈四」佛
「唵罗儗野二合惹引曩南引秫诗佛反淡一 戍婆引讷𮓌底丁以反谟引左釰二本 播引罗沫体他以反迦谜引建躭三 曩谜引达𤚥舍么嚩憾四」法
「穆讫躭二合穆讫底二合播引他引钵罗二合跛躭二合引誐乞洒二合野索引弭野二 嚩引沙体二合躭乞洒二合怛览二合尾始瑟鸺𩄽上拏刎无本反一 曩谜引僧去健左婆引嚩上跢都各反四」僧
「萨嚩母驮婆罗二合舍跢二合引野三勃哩二合跢引野𩄽𩄽览二 阿嚩路引枳多僧去枳娘二合野三 曩谟引𩕳髻摩贺答摩二合儞四」菩萨
「摩贺引摩攞勤可反野赞拏野上尾儞野二合罗惹日罗反野娑引驮吠引准反二 讷难上多娜摩迦夜引三 曩谟引悉帝嚩日罗二合播引拏上曳引去四」金刚众
「阿引演引覩泥嚩左誐素罗一 紧那上罗那啰铄迦罗二合那野二 钵罗二合嚩罗二合达么蘖里二合多地伽罗三 尾达么左钵罗二合舍么操尔也二合四 儞铭二合多部多铭多钵罗二合迦舍夜五 怛儞贺室罗二合摩拏也驮引𤚥引六二合」诸天
次发愿，次散念诵。先礼三宝，次礼本尊，然后普礼诸佛。次持诵人先麻座、捺婆等座，谓跏趺、半跏贤麻座，令身端直。次把数珠。右三回转。次安珠二掌中顶戴云云，次结根本印，诵根本真言七遍。次念诵了，即顶戴珠，发愿安置本处。次结根本印，诵根本真言七遍。次更奉涂香华烧香饭灯，次运心供养，次赞，次奉阏伽，次发愿，次解界，次示三昧，及礼拜诸尊，次诵现在诸如来之偈，次奉送真言，次回九方便，次回向，次三部三昧耶，次护身，次护本尊等，次遍礼诸尊，然后去。当堂道场，任意经行。
小指檀慧上左下右无名指戒方上左下右中指忍愿上右下左头指进力上左下右大指禅智上左下右。
「善来尊者，善来尊者，由本愿力，而来降赴。顾乘加持，授此请，并受我所办诸供养，起大慈悲，唯垂纳受。」
终颂：
药师仪轨一具终 传教大师将来